À semelhança do filme «Carandiru», de 2003, a série retrata o quotidiano dos presos dentro do que era o maior complexo prisional da América Latina, o Carandiru. Cada episódio apresenta os acontecimentos na vida dos reclusos antes e depois de entrarem para a prisão. Dentro do complexo, o médico faz um trabalho de prevenção contra a SIDA e depara-se com histórias de violência e de solidariedade, celas superlotadas e instalações precárias.
Com os mesmos personagens do filme, a série «Carandiru – Outras Histórias» complementa histórias e revela as razões pelas quais estas pessoas foram detidas. Cada episódio destaca um personagem, todos eles sobreviventes do massacre, ocorrido no complexo em 1992.